Ayuda!! Problemas con la instalacion de GAMIT en ubunto 14.04
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Ayuda!! Problemas con la instalacion de GAMIT en ubunto 14.04
Hola a todos!!
Soy nueva en manejar el ubuntu pero creo que he progresado mucho, mi necesidad de usas este sistema operativo además de tener curiosidad estoy desarrollando mi tesis y los programas a utilizar funcionan dentro del entorno de unix/Linux. Uno de los programas utilizados es el GAMIT para procesamiento GPS y he seguido las instrucciones de instalarlo desde la terminal y al principio todo corria bien pero al final me indica un error relacionado con archivos faltantes, claro.. previo a la instalación, descargue e instale las librerías necesarias que exige el programa, y aun no se exactamente el problema, de verdad les agradeceria muchisisisismo su ayuda con esto.
Tengo el ubuntu 14.04 LTS descargue todas las actualizaciones, gfortran gcc antes de instalar
Aqui coloco cuando me arroja error en el ultimo paso de la instalacion
gfortran -O3 -Wuninitialized -fno-f2c -ffast-math -fno-automatic -fno-backslash -m64 benchd.f ./kinv_lib.a -o benchd
/usr/bin/ld: no se puede encontrar crt1.o: No existe el archivo o el directorio
/usr/bin/ld: no se puede encontrar crti.o: No existe el archivo o el directorio
/usr/bin/ld: se salta el /usr/lib/gcc/i686-linux-gnu/4.8/libgfortran.so incompatible mientras se busca -lgfortran
/usr/bin/ld: se salta el /usr/lib/gcc/i686-linux-gnu/4.8/libgfortran.a incompatible mientras se busca -lgfortran
/usr/bin/ld: no se puede encontrar -lgfortran
/usr/bin/ld: no se puede encontrar -lm
/usr/bin/ld: se salta el /usr/lib/gcc/i686-linux-gnu/4.8/libgcc_s.so incompatible mientras se busca -lgcc_s
/usr/bin/ld: no se puede encontrar -lgcc_s
/usr/bin/ld: se salta el /usr/lib/gcc/i686-linux-gnu/4.8/libgcc.a incompatible mientras se busca -lgcc
/usr/bin/ld: no se puede encontrar -lgcc
/usr/bin/ld: se salta el /usr/lib/gcc/i686-linux-gnu/4.8/libquadmath.so incompatible mientras se busca -lquadmath
/usr/bin/ld: se salta el /usr/lib/gcc/i686-linux-gnu/4.8/libquadmath.a incompatible mientras se busca -lquadmath
/usr/bin/ld: no se puede encontrar -lquadmath
/usr/bin/ld: no se puede encontrar -lm
/usr/bin/ld: se salta el /usr/lib/gcc/i686-linux-gnu/4.8/libgcc_s.so incompatible mientras se busca -lgcc_s
/usr/bin/ld: no se puede encontrar -lgcc_s
/usr/bin/ld: se salta el /usr/lib/gcc/i686-linux-gnu/4.8/libgcc.a incompatible mientras se busca -lgcc
/usr/bin/ld: no se puede encontrar -lgcc
/usr/bin/ld: no se puede encontrar -lc
/usr/bin/ld: se salta el /usr/lib/gcc/i686-linux-gnu/4.8/libgcc_s.so incompatible mientras se busca -lgcc_s
/usr/bin/ld: no se puede encontrar -lgcc_s
/usr/bin/ld: se salta el /usr/lib/gcc/i686-linux-gnu/4.8/libgcc.a incompatible mientras se busca -lgcc
/usr/bin/ld: no se puede encontrar -lgcc
/usr/bin/ld: no se puede encontrar crtn.o: No existe el archivo o el directorio
collect2: error: ld returned 1 exit status
make: *** [benchd] Error 1
Failure in make_gamit -- install_software terminated
dhanniela@dhanniela-mlapto:~/GGSOURCE$
Ok segun se lee tiene algo que ver con la creacion del archivo MAKE_GAMIT
aqui le copio el codigo de dicho archivo
#!/bin/csh -ef
if ($#argv == 0) then
echo ' '
echo ' Create executables from the source code in GAMIT directories '
echo ' '
echo ' - call script unimake to update machine-dependent Makefiles '
echo " - execute 'make' to compile and link the subroutines"
echo ' - recreate the links in the GAMIT bin directory '
echo ' '
echo ' Useage:'
echo ' '
echo ' make_gamit [target_dir] [compiler] '
echo ' '
echo ' where [target_dir] is the absolute path to the directory above /gamit'
echo ' [compiler] is an optional entry specifying a compiler other '
echo ' than the default f77 compiler you want to use'
echo ' '
echo ' Example:'
echo ' '
echo ' make_gamit /home/me/stdrel '
echo ' OR'
echo ' make_gamit /home/me/stdrel g77 '
echo ' '
exit
else
#
# Script to make GAMIT
# R. King. Last modified by R. King 980303
# Augment the path to point to target-directory com for new installations
set path = ($path $1/com)
# remember target working directory
set TARGETDIR = $1/gamit
set COMPILER = 'default'
if ( $#argv > 1 ) then
set COMPILER = $2
echo "Using the specified compiler: " $COMPILER
endif
# first update the GAMIT program dimensions in the include files
echo " "
echo "Reading gamit/Makefile.config to get program dimensions"
echo " "
set conf = $TARGETDIR/Makefile.config
cd $TARGETDIR/includes
set maxsit = `grep "MAXSIT" $conf`; shift maxsit
set maxsat = `grep "MAXSAT" $conf`; shift maxsat
set maxatm = `grep "MAXATM" $conf`; shift maxatm
set maxepc = `grep "MAXEPC" $conf`; shift maxepc
redim maxsit:$maxsit ncvsit:$maxsit maxsat:$maxsat maxatm:$maxatm maxepc:$maxepc
# then make (or check) the common libraries
echo " "
echo ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
echo Make sure the common libraries are current
echo ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
echo " "
cd $TARGETDIR
cd ../libraries
unimake -m comlib -c $COMPILER
if( $status != 0 ) then
echo "Failure in unimake for libraries/comlib -- make_gamit terminated"
exit 1
endif
cd comlib; make
if( $status != 0 ) then
echo "Failure in make for gamit/lib -- make_gamit terminated"
exit 1
endif
touch tmp.o; \rm -f *.o
cd ../
unimake -m matrix -c $COMPILER
if( $status != 0 ) then
echo "Failure in unimake for libraries/matrix -- make_gamit terminated"
exit 1
endif
cd matrix; make
if( $status != 0 ) then
echo "Failure in make for gamit/lib -- make_gamit terminated"
exit 1
endif
touch tmp.o; \rm -f *.o
# then do the GAMIT library
echo ' '
echo +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
echo Making the GAMIT library...
echo +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
if (-e $TARGETDIR/lib) then
# first remake the Makefile if necessary
cd $TARGETDIR
unimake -m lib -c $COMPILER
if( $status != 0 ) then
echo "Failure in unimake for gamit/lib -- make_gamit terminated"
exit 1
endif
# now make the library
cd lib
make
if( $status != 0 ) then
echo "Failure in make for gamit/lib -- make_gamit terminated"
exit 1
endif
touch tmp.o; \rm -f *.o
echo Made lib
else
echo Could not find directory $TARGETDIR/lib
endif
echo " "
echo ++++++++++++++++++++++++++++++++++
echo Making the main modules
echo ++++++++++++++++++++++++++++++++++
echo " "
# list of modules to make
# comment out you don't want to make
set MODULES = " "
# makex has to precede fica
set MODULES = ($MODULES makex)
set MODULES = ($MODULES arc)
set MODULES = ($MODULES cfmrg)
set MODULES = ($MODULES clean)
set MODULES = ($MODULES ctox)
set MODULES = ($MODULES fica)
set MODULES = ($MODULES fixdrv)
set MODULES = ($MODULES grdtab)
set MODULES = ($MODULES hi)
set MODULES = ($MODULES makexp)
set MODULES = ($MODULES model)
set MODULES = ($MODULES orbits)
set MODULES = ($MODULES solve)
set MODULES = ($MODULES tform)
set MODULES = ($MODULES utils)
# loop over all modules
foreach DIRECTORY ( $MODULES )
if (-e $TARGETDIR/$DIRECTORY) then
# first remake the Makefile if necessary
cd $TARGETDIR
unimake -m $DIRECTORY -c $COMPILER
if( $status != 0 ) then
echo "Failure in unimake for gamit/" $DIRECTORY " -- make_gamit terminated"
exit 1
endif
# now make the module
cd $DIRECTORY
make
if( $status != 0 ) then
echo "Failure in make for gamit/" $DIRECTORY " -- make_gamit terminated"
exit 1
endif
echo Made $DIRECTORY
# need to erase object files on some systems (e.g., DEC OSF4) when it
# can't be done within the Makefile.
touch tmp.o; \rm -f *.o
else
echo Could not find directory $TARGETDIR/$DIRECTORY
exit 1
endif
end # for
# Now remake the links
# MOD TAH 960812: Changed directory to $1 (which is the high
# level directory.
link_gamit_bin $1
if( $status != 0 ) then
echo "Failure in linking executables in /bin -- make_gamit terminated"
exit 1
endif
echo ''
echo ++++++++++++++++++
echo GAMIT installed
echo ++++++++++++++++++
echo ''
endif
Sospecho (disculpe si estoy muy equivocada) que al no cumplir con ciertos procesos para ejecutar el make_gamit se corta programa indica error y se salta al fin de instalacion.
De verdad agradecieria su ayuda u opinion al respecto.
;D ;D ;D ::) ::) ::)
Soy nueva en manejar el ubuntu pero creo que he progresado mucho, mi necesidad de usas este sistema operativo además de tener curiosidad estoy desarrollando mi tesis y los programas a utilizar funcionan dentro del entorno de unix/Linux. Uno de los programas utilizados es el GAMIT para procesamiento GPS y he seguido las instrucciones de instalarlo desde la terminal y al principio todo corria bien pero al final me indica un error relacionado con archivos faltantes, claro.. previo a la instalación, descargue e instale las librerías necesarias que exige el programa, y aun no se exactamente el problema, de verdad les agradeceria muchisisisismo su ayuda con esto.
Tengo el ubuntu 14.04 LTS descargue todas las actualizaciones, gfortran gcc antes de instalar
Aqui coloco cuando me arroja error en el ultimo paso de la instalacion
gfortran -O3 -Wuninitialized -fno-f2c -ffast-math -fno-automatic -fno-backslash -m64 benchd.f ./kinv_lib.a -o benchd
/usr/bin/ld: no se puede encontrar crt1.o: No existe el archivo o el directorio
/usr/bin/ld: no se puede encontrar crti.o: No existe el archivo o el directorio
/usr/bin/ld: se salta el /usr/lib/gcc/i686-linux-gnu/4.8/libgfortran.so incompatible mientras se busca -lgfortran
/usr/bin/ld: se salta el /usr/lib/gcc/i686-linux-gnu/4.8/libgfortran.a incompatible mientras se busca -lgfortran
/usr/bin/ld: no se puede encontrar -lgfortran
/usr/bin/ld: no se puede encontrar -lm
/usr/bin/ld: se salta el /usr/lib/gcc/i686-linux-gnu/4.8/libgcc_s.so incompatible mientras se busca -lgcc_s
/usr/bin/ld: no se puede encontrar -lgcc_s
/usr/bin/ld: se salta el /usr/lib/gcc/i686-linux-gnu/4.8/libgcc.a incompatible mientras se busca -lgcc
/usr/bin/ld: no se puede encontrar -lgcc
/usr/bin/ld: se salta el /usr/lib/gcc/i686-linux-gnu/4.8/libquadmath.so incompatible mientras se busca -lquadmath
/usr/bin/ld: se salta el /usr/lib/gcc/i686-linux-gnu/4.8/libquadmath.a incompatible mientras se busca -lquadmath
/usr/bin/ld: no se puede encontrar -lquadmath
/usr/bin/ld: no se puede encontrar -lm
/usr/bin/ld: se salta el /usr/lib/gcc/i686-linux-gnu/4.8/libgcc_s.so incompatible mientras se busca -lgcc_s
/usr/bin/ld: no se puede encontrar -lgcc_s
/usr/bin/ld: se salta el /usr/lib/gcc/i686-linux-gnu/4.8/libgcc.a incompatible mientras se busca -lgcc
/usr/bin/ld: no se puede encontrar -lgcc
/usr/bin/ld: no se puede encontrar -lc
/usr/bin/ld: se salta el /usr/lib/gcc/i686-linux-gnu/4.8/libgcc_s.so incompatible mientras se busca -lgcc_s
/usr/bin/ld: no se puede encontrar -lgcc_s
/usr/bin/ld: se salta el /usr/lib/gcc/i686-linux-gnu/4.8/libgcc.a incompatible mientras se busca -lgcc
/usr/bin/ld: no se puede encontrar -lgcc
/usr/bin/ld: no se puede encontrar crtn.o: No existe el archivo o el directorio
collect2: error: ld returned 1 exit status
make: *** [benchd] Error 1
Failure in make_gamit -- install_software terminated
dhanniela@dhanniela-mlapto:~/GGSOURCE$
Ok segun se lee tiene algo que ver con la creacion del archivo MAKE_GAMIT
aqui le copio el codigo de dicho archivo
#!/bin/csh -ef
if ($#argv == 0) then
echo ' '
echo ' Create executables from the source code in GAMIT directories '
echo ' '
echo ' - call script unimake to update machine-dependent Makefiles '
echo " - execute 'make' to compile and link the subroutines"
echo ' - recreate the links in the GAMIT bin directory '
echo ' '
echo ' Useage:'
echo ' '
echo ' make_gamit [target_dir] [compiler] '
echo ' '
echo ' where [target_dir] is the absolute path to the directory above /gamit'
echo ' [compiler] is an optional entry specifying a compiler other '
echo ' than the default f77 compiler you want to use'
echo ' '
echo ' Example:'
echo ' '
echo ' make_gamit /home/me/stdrel '
echo ' OR'
echo ' make_gamit /home/me/stdrel g77 '
echo ' '
exit
else
#
# Script to make GAMIT
# R. King. Last modified by R. King 980303
# Augment the path to point to target-directory com for new installations
set path = ($path $1/com)
# remember target working directory
set TARGETDIR = $1/gamit
set COMPILER = 'default'
if ( $#argv > 1 ) then
set COMPILER = $2
echo "Using the specified compiler: " $COMPILER
endif
# first update the GAMIT program dimensions in the include files
echo " "
echo "Reading gamit/Makefile.config to get program dimensions"
echo " "
set conf = $TARGETDIR/Makefile.config
cd $TARGETDIR/includes
set maxsit = `grep "MAXSIT" $conf`; shift maxsit
set maxsat = `grep "MAXSAT" $conf`; shift maxsat
set maxatm = `grep "MAXATM" $conf`; shift maxatm
set maxepc = `grep "MAXEPC" $conf`; shift maxepc
redim maxsit:$maxsit ncvsit:$maxsit maxsat:$maxsat maxatm:$maxatm maxepc:$maxepc
# then make (or check) the common libraries
echo " "
echo ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
echo Make sure the common libraries are current
echo ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
echo " "
cd $TARGETDIR
cd ../libraries
unimake -m comlib -c $COMPILER
if( $status != 0 ) then
echo "Failure in unimake for libraries/comlib -- make_gamit terminated"
exit 1
endif
cd comlib; make
if( $status != 0 ) then
echo "Failure in make for gamit/lib -- make_gamit terminated"
exit 1
endif
touch tmp.o; \rm -f *.o
cd ../
unimake -m matrix -c $COMPILER
if( $status != 0 ) then
echo "Failure in unimake for libraries/matrix -- make_gamit terminated"
exit 1
endif
cd matrix; make
if( $status != 0 ) then
echo "Failure in make for gamit/lib -- make_gamit terminated"
exit 1
endif
touch tmp.o; \rm -f *.o
# then do the GAMIT library
echo ' '
echo +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
echo Making the GAMIT library...
echo +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
if (-e $TARGETDIR/lib) then
# first remake the Makefile if necessary
cd $TARGETDIR
unimake -m lib -c $COMPILER
if( $status != 0 ) then
echo "Failure in unimake for gamit/lib -- make_gamit terminated"
exit 1
endif
# now make the library
cd lib
make
if( $status != 0 ) then
echo "Failure in make for gamit/lib -- make_gamit terminated"
exit 1
endif
touch tmp.o; \rm -f *.o
echo Made lib
else
echo Could not find directory $TARGETDIR/lib
endif
echo " "
echo ++++++++++++++++++++++++++++++++++
echo Making the main modules
echo ++++++++++++++++++++++++++++++++++
echo " "
# list of modules to make
# comment out you don't want to make
set MODULES = " "
# makex has to precede fica
set MODULES = ($MODULES makex)
set MODULES = ($MODULES arc)
set MODULES = ($MODULES cfmrg)
set MODULES = ($MODULES clean)
set MODULES = ($MODULES ctox)
set MODULES = ($MODULES fica)
set MODULES = ($MODULES fixdrv)
set MODULES = ($MODULES grdtab)
set MODULES = ($MODULES hi)
set MODULES = ($MODULES makexp)
set MODULES = ($MODULES model)
set MODULES = ($MODULES orbits)
set MODULES = ($MODULES solve)
set MODULES = ($MODULES tform)
set MODULES = ($MODULES utils)
# loop over all modules
foreach DIRECTORY ( $MODULES )
if (-e $TARGETDIR/$DIRECTORY) then
# first remake the Makefile if necessary
cd $TARGETDIR
unimake -m $DIRECTORY -c $COMPILER
if( $status != 0 ) then
echo "Failure in unimake for gamit/" $DIRECTORY " -- make_gamit terminated"
exit 1
endif
# now make the module
cd $DIRECTORY
make
if( $status != 0 ) then
echo "Failure in make for gamit/" $DIRECTORY " -- make_gamit terminated"
exit 1
endif
echo Made $DIRECTORY
# need to erase object files on some systems (e.g., DEC OSF4) when it
# can't be done within the Makefile.
touch tmp.o; \rm -f *.o
else
echo Could not find directory $TARGETDIR/$DIRECTORY
exit 1
endif
end # for
# Now remake the links
# MOD TAH 960812: Changed directory to $1 (which is the high
# level directory.
link_gamit_bin $1
if( $status != 0 ) then
echo "Failure in linking executables in /bin -- make_gamit terminated"
exit 1
endif
echo ''
echo ++++++++++++++++++
echo GAMIT installed
echo ++++++++++++++++++
echo ''
endif
Sospecho (disculpe si estoy muy equivocada) que al no cumplir con ciertos procesos para ejecutar el make_gamit se corta programa indica error y se salta al fin de instalacion.
De verdad agradecieria su ayuda u opinion al respecto.
;D ;D ;D ::) ::) ::)
dhanniela- Invitado
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